Cette église est le monument le plus célèbre de Corfou.
Saint Spyridon était évêque à Chypres et condamna en 325 l'hérésie d'Arius.
A sa mort, sa dépouille fut transportée à Constantinople. Lorsque cette dernière fut conquise par les Turcs, des réfugiés l'emportèrent avec eux et la relique arriva à Corfou en 1489.
La légende veut que St Spyridon sauva plusieurs fois la ville de la peste et qu'il l'arracha aux Turcs en 1716. Il devint ainsi le protecteur de la ville.