Lors de l'insurrection en novembre 1866 contre l'occupation turque, les habitants de Rethymnon doivent fuir devant les troupes de Mustapha Pacha et trouvent refuge dans le couvent d'Arkadi.

Afin de faire diversion, le colonel Koronaios, quitta le couvent où ne restèrent que 287 hommes armés, dont 45 moines et 20 volontaires.Après de violents combats qui durèrent trois jours, le portail du couvent céda sous les coups de l'artillerie et les Turcs entrprirent un véritable massacre, ne faisant que quelques prisonniers.

Mais l'higoumène Gabriel et Constantin Yaboudakis avaient fait exploser la poudrière du couvant, tuant ainsi des centaines de Turcs.

La résistance héroïque, le sacrifice et le pillage du monastère, la mort des membres du clergé, cet holocauste eurent un impact dans le monde entier! Les Crétois firent du monastère d'Arkadi le symbole des sacrifices consentis pour gagner leur liberté.